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我们为您提供以下解决方案：

我们推荐使用Altium Designer软件进行设计，以满足您的需求。Altium Designer是一款功能强大的电子设计自动化软件，可用于设计CORTEX-A9四核IMX6Q核心板（12层）和接口开发底板（6层）。使用Altium Designer，您可以轻松创建原理图和PCB布局，并生成BOM文件。

首先，您可以使用Altium Designer创建CORTEX-A9四核IMX6Q核心板的原理图。通过使用Altium Designer的丰富库和元件，您可以快速添加所需的器件和连接。确保在设计过程中遵循最佳实践，包括正确的信号和电源分离、地平面设计和信号完整性考虑。

接下来，使用Altium Designer进行PCB布局。根据您的需求，选择适当的层数和尺寸，并确保布局满足电磁兼容性（EMC）和热管理要求。使用Altium Designer的布局工具，您可以轻松放置和布线器件，同时考虑信号完整性和电源分离。

完成PCB布局后，您可以生成BOM文件。Altium Designer提供了自动BOM生成工具，可以根据PCB设计自动生成BOM清单。确保检查BOM清单中的器件和数量与您的设计要求一致。

最后，制作板子并进行测试验证。确保按照设计规范进行制板，并进行必要的功能和性能测试。通过测试验证，您可以确保设计的可靠性和稳定性。

总结而言，使用Altium Designer进行CORTEX-A9四核IMX6Q核心板和接口开发底板的设计是一个可靠的选择。它提供了强大的功能和工具，帮助您快速而准确地完成设计，并生成所需的PCB和BOM文件。这些文件可以作为您产品设计的参考，确保设计的质量和可靠性。

希望以上解决方案能够满足您的需求。如果您有任何进一步的问题或需要更多的帮助，请随时与我们联系。